伊犁州生态环境保护综合行政执法支队，为隶属于伊犁哈萨克自治州生态环境局管理的执法机构，参照公务员法管理单位，暂列公益一类。机构规格为正县级，核定全额预算管理事业编制25名，领导职数4名，其中正县级领导职数2名，副县级领导职数2名。设置内设机构4个：办公室、执法一大队、执法二大队、执法三大队，机构规格正科级，内设机构领导职数7名（4正3副）。

主要职责：组织实施州直生态环境保护综合行政执法工作；组织实施大气、水、土壤、噪声、固体废物、机动车等污染防治的监督检查，依法查处企事业单位和个人违反污染防治法律法规的违法行为；负责对州直使用核技术、射线装置利用等电离辐射单位的监督检查；负责组织实施州直各类生态环境保护专项执法行动和重大违法案件调查处理；负责州直生态环境保护综合行政执法工作的业务指导、组织协调和考核评价；完成州生态环境局交办的其他任务。